O porta-voz acrescentou que o Eurocopter AS350 caiu pouco depois das 19:00 locais de domingo (23:00 de Lisboa) a norte da ilha Roosevelt e está alegadamente voltado ao contrário no rio.
Pelo menos uma pessoa foi resgatada da água, disse ele.
A FAA e a agência nacional de segurança dos transportes estão a investigar o ocorrido.
As autoridades não disseram imediatamente se havia outras pessoas a bordo.
Um vídeo filmado por um cidadão e publicado no Twitter mostra um helicóptero vermelho a aterrar na água e depois a virar-se quando os rotores ficam debaixo de água.
O helicóptero, um modelo usado por empresas turísticas, desceu junto a Gracie Mansion, onde fica a residência do 'mayor'.
Várias embarcações foram vistas a aproximarem-se do local para auxiliar os eventuais sobreviventes.
Testemunhas disseram aos jornalistas que o helicóptero pareceu ficar cheio de água rapidamente.
"É água fria. E estava a afundar muito rapidamente", disse Mary Lee, de 66 anos, ao New York Post. "No momento em que aqui chegámos, já não conseguimos vê-lo. Estava debaixo de água".
As testemunhas descreveram ver pelo menos uma pessoa a emergir do helicóptero e a agitar as suas mãos pedindo ajuda.
Os céus sobre Nova Iorque estão normalmente repletos de helicópteros que transportam turistas, empresários, repórteres de trânsito, equipas médicas e outros. Este tipo de acidentes não são raros.
Um acidente em outubro de 2011 no East River matou uma mulher britânica que visitava a cidade na ocasião do seu aniversário, de 40 anos. Três outros passageiros ficaram feridos.
Um helicóptero num passeio turístico de Manhattan caiu no rio Hudson em julho de 2007, causando pânico nas oito pessoas a bordo, mas não ferindo ninguém.
Em junho de 2005, dois helicópteros caíram no East River na mesma semana. Um deles causaou ferimentos a oito pessoas, incluindo alguns executivos bancários. O outro atingiu a água logo após a descolagem num voo turístico, ferindo seis turistas e o piloto.
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