A avaliação teve em conta as atividades científicas e tecnológicas desenvolvidas pelos centros de investigação entre janeiro de 2018 e dezembro de 2023. Os objetivos, a estratégia, o plano de atividades e a organização para o período entre 2025 e 2029 também foi tida em conta.

Segundo a FCT, as unidades de I&D são avaliadas periodicamente, sendo atribuída uma classificação que determina o financiamento para o período plurianual seguinte. Neste processo de avaliação, dos 336 centros que se candidataram , houve uma desistência e 22 não obtiveram financiamento aprovado. Entre as unidades avaliadas, 79 subiram de classificação, 46 desceram de classificação, 167 mantiveram a classificação e 43 são novas.

A esmagadora maioria foi avaliada com "excelente" (40%) ou "muito bom" (35%).

Entre os 135 centros avaliados com a pontuação máxima de "excelente", estão nomes como o Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência da Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto, o Compreensive Health Research Center da Nova Medical School e o Cesam da Universidade de Aveiro.

Na avaliação, participaram mais de 315 avaliadores internacionais distribuídos por 29 painéis de avaliação disciplinares. A FCT garante que foi um processo de avaliação "complexo e com uma logística exigente", envolvendo mais de 1300 entrevistas remotas e 29 semanas de visitas presenciais a todas as unidades em avaliação.